การประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมและระบบนิเวศของแหล่งธรรมชาติอันควรอนุรักษ์ สามารถแบ่งกลุ่มเพื่อแสดงถึงคุณภาพของสภาวะแวดล้อมได้ 4 ด้าน ได้แก่ (1) ด้านองค์ประกอบของระบบนิเวศ/สิ่งแวดล้อม (2) ด้านองค์ประกอบภูมิสถาปัตยกรรมและสถาปัตยกรรม (3) ด้านผลผลิตจากการบริการสิ่งแวดล้อมของแหล่งธรรมชาติ และ (4) ด้านการบริหารจัดการ โดยระดับเกณฑ์การรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม กำหนดเกณฑ์การรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมไว้เป็น 3 ระดับ ได้แก่ (1) ระดับดี มีค่าคะแนนอยู่ในช่วง 1.00-1.66 (2) ระดับปานกลาง มีค่าคะแนนอยู่ในช่วง 1.67-2.33 และ (3) ระดับต่ำ (ผลกระทบสูง) มีค่าคะแนนอยู่ในช่วง 2.34-3.00 

ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2565 ได้ดำเนินการติดตามและประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมแหล่งธรรมชาติ แหล่งธรรมชาติประเภทภูเขา ได้รับการประเมิน 60 แห่ง พบว่า แหล่งธรรมชาติทั้งหมดอยู่ในระดับดี